Система менеджмента качества Белорусского Государственного Университета Физической Культуры функционирует с 2010 года. 9 ноября 2010 г. органом по сертификации систем управления БелГИСС в университете был проведен сертификационный аудит, по результатам которого 25 ноября 2010 г. университет получил национальный сертификат соответствия СТБ ISO 9001-2009 и международный сертификат немецкой системы аккредитации (TGA) DIN EN ISO 9001:2008. В течение двух последующих лет университет успешно проходил инспекционные аудиты, а 25 ноября 2013 года органом по сертификации систем управления БелГИСС был проведен повторный сертификационный аудит, по результатам которого действие сертификатов соответствия было продлено до 2016 года.

Последующие инспекционные аудиты и повторный сертификационный аудит в сентябре 2016 года подтвердили зрелость системы менеджмента качества университета. В сентябре 2017 года при проведении инспекционного контроля университет успешно осуществил переход на новую версию стандарта СТБ ISO 9001-2015. На сегодняшний день срок действия национального сертификата соответствия СТБ ISO 9001-2015 и международного сертификата ISO 9001:2015 продлен до 24 ноября 2025 года.